Das Joner Wappen, das in dieser Form seit 1805 existiert, vereint Motive der Wappen des Kantons Aargau (drei Sterne) und des Kelleramts (Schlüssel). Der Wellenpfahl symbolisiert die Reuss oder den Jonenbach.

Blasonierung  
Durch weissen Wellenpfahl gespalten von Blau mit drei pfahlweise gestellten sechsstrahligen weissen Sternen und von Rot mit linksgekehrtem weissem Schlüssel. Gemeindefarben Blau-Weiss. Herkunft und Deutung des Wappens  
Um 1805 löste die Gemeinde Jonen die Wappenfrage, indem sie mit Motiven aus den Wappen des Kantons und des Kelleramtes ein eigenes Wappen zusammenstellte. Die drei Sterne des Kantons und der Schlüssel des zürcherischen Kelleramtes wurden pfahlweise gestellt. Sie beseiten den die Reuss oder den Jonenbach symbolisierenden Wellenpfahl. Das ergibt ein optisch ausgewogenes Bild. Als 1909 Turm und Chor der Pfarrkirche umgebaut wurden, malte man das Gemeindewappen mit drei Blumen anstatt drei Sternen an den Chorbogen, was lange Zeit zu Unsicherheiten führte. So enthält das Heft 13 der Hag Wappenmarken um 1926 drei weisse Rosen mit gelben Butzen (Samenkapseln). Auf Empfehlung der Wappenkommission vom 27. Mai 1958 entschied sich der Gemeinderat für die Beibehaltung der Sterne und das Wappen in der heutigen Form.

Siegel 1811  
Ovalsiegel mit bekränztem Wappenschild. Dieser durch weissen Wellenpfahl gespalten von Blau mit drei pfahlweise gestellten sechs- strahligen weissen Sternen und von Rot mit linksgekehrtem weissem Schlüssel. Umschrift:  
KANTON AARGAU BEZIRK BREMGARTEN GEMEINDRATH IONEN. Oval, 35:30 mm.

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