Aus der Dorfgeschichte: Am Ausgang des Tobels, das der Bach vom Albis zur Reuss gefressen hat, liegt das Dorf Jonen. Als "Jonun“ ist es erstmals erwähnt in einer Habsburgerurkunde aus dem Jahre 1243. Gräberfunde im Litzi und in den umliegenden Gemeinden zeigen, dass das Gebiet spätestens in der Hallstattzeit (ältere Eisenzeit) besiedelt wurde. Die Villa im Schalchmatthau auf der Grenze Oberlunkhofen/Jonen zeugt von der Anwesenheit der Römer. Wiederholte Gräberfunde im Gebiet der einstigen Käppelireben lassen erkennen, dass die Alemannen schon im 7. Jahrhundert in unsere Gegend zogen.
Jonen gehörte einst zum Kellerhof Lunkhofen, der im Frühmittelalter dem Kloster St. Leodegar in Luzern geschenkt wurde. Im Jahre 1291 wurde dieses Kloster mit all seinen Gütern an Rudolf von Habsburg verkauft. Die Habsburger bildeten aus den Dörfern Jonen, Ober- und Unterlunkhofen und Arni-Islisberg einen eigenen Verwaltungsbezirk, das Kelleramt. Als Untertanen hatten die Kellerämter ein eigenes “Recht“ und ein Zivilgericht mit einem selbstgewählten “Untervogt“ als Präsidenten und vier “Fürsprechern“ als Richter. Es tagte viermal im Jahr in der Taverne “zur Muttergottes“ in Jonen. Diese Wirtschaft war im Mittelalter die einzige zwischen Ziegelbach beim Geisshof Unterlunkhofen und Cham und hatte das alleinige Back- und Metzgrecht. Als im Jahre 1415 die Eidgenossen den Aargau eroberten, kam das Kelleramt an die Stadt Zürich. Diese überliess die Niedere Gerichtsbarkeit der Stadt Bremgarten. Bei der Reformation neigten die Kellerämter zum neuen Glauben, kehrten aber nach der 2. Schlacht bei Kappel 1531 mit Bremgarten wieder zum alten Glauben zurück. Im Jahre 1803 wurde das Kelleramt dem neuen Kanton Aargau und dem Bezirk Bremgarten zugeteilt. Die vier Gemeinden bilden nun zusammen mit Oberwil den Kreis Lunkhofen. Die einst selbständigen Aussenhöfe Obschlagen, Litzi und Mörgeln wurden zu Anfang der Neuzeit ins “Dorfrecht“ Jonen aufgenommen.
Am 1. September 1811 wurde Jonen von einem verheerenden Dorfbrand heimgesucht. Innert zwei Stunden gingen zwei Drittel des Dorfes in Flammen auf, 266 Personen waren obdachlos.
Kirchlich gehörte Jonen anfänglich zur Pfarrei Lunkhofen, besass aber schon vor 1598 eine kleine Dorfkapelle. Diese wurde 1804 durch eine grössere ersetzt. Nach der Errichtung einer eigenen Pfarrei Jonen im Jahre 1866, wurde die Kapelle zur Pfarrkirche, 1910 um Chor und Turm erweitert und mit fünf neuen Glocken ausgestattet. Die letzte gründliche Innen- und Aussenrenovation erfolgte 2001. Im Jonental stand schon im Mittelalter eine kleine Kapelle. In der heutigen Form wurde sie 1735 erbaut. Sie bildet ein sehenswertes Bauwerk kirchlicher Barockkunst und ist ein vielbesuchter Wallfahrtsort.
Ein erstes Schulhaus wurde 1808 gebaut. Das 1853/55 errichtete Schulhaus wurde 1936 und 1978 renoviert. Im Jahre 1936 wurde eine erste Turnhalle gebaut und die Sekundarschule eingeführt. Im Jahre 1972 konnte ein neues Oberstufenschulhaus und im Jahr 1996 ein zweites eingeweiht werden. So wurde Jonen zum Kreisschulort für die Oberstufe; einzig die Bezirksschüler müssen nach Bremgarten gehen.
Die Bevölkerung arbeitete früher fast ausschliesslich in der Landwirtschaft. Es gab nur einige der Landwirtschaft zugeordnete Handwerke. 1989 waren noch 28 Landwirte aktiv tätig. Da keine Bahnverbindung besteht, gab es keine grössere Industrie. Einzig einige Gewerbebetriebe haben sich angesiedelt. Die meisten Einwohner verdienen ihr tägliches Brot auswärts in den Industrieballungszentren.
Jahrzehntelang blieb die Bevölkerungszahl konstant zwischen 500 und 600. Ab 1960 machte sich der Druck der Agglomeration Zürich bemerkbar. Im Sommer 1987 wurde der 1000. Einwohner registriert. Heute zählt Jonen um die 2350 Einwohner (Entwicklung der Einwohnerzahlen ab 1972).
Der Bau der Abwasserreinigungsanlage und der Kanalisationsleitungen ermöglichte ab 1968 in der durch den Zonenplan ausgeschiedenen Bauzone die Erstellung von Einfamilienhäusern. Mit der Nachbargemeinde Ottenbach wurde 1969 eine Kläranlage und 1978 eine Schiessanlage erstellt. Im Jahre 1982 konnte ein Mehrzweckgebäude mit Turnhalle, Gemeindeverwaltung und Militärunterkunft sowie ein Kindergartengebäude eingeweiht werden, und 1985 wurde ein neues Feuerwehrmagazin errichtet. 1989 konnte endlich mit dem lange geforderten Ausbau der Durchgangsstrasse mit Trottoirs begonnen und 1999 abgeschlossen werden.
Ein reges Vereinsleben fördert das gute Einvernehmen der Alteingesessenen untereinander und mit den zahlreichen Neuzuzügern.
Gegen eine Gebühr können Literaturen über die Gemeinde Jonen bezogen werden.